Higijenske mjere osnovni su uvjet za smanjenje klica u stočarstvu. Korištenje higijenskih prahova s probiotičkim zaštitnim kulturama koristan je dodatak rutinskim mjerama čišćenja i dezinfekcije. U prasilištu ili u odgoju prasadi taj prah upija vlagu. Stvaraju se suhe i sigurne površine i povećavaju stabilnost životinja. Osim toga, higijenski prašci smanjuju stvaranje amonijaka, što poboljšava kvalitetu zraka u štali.

Sustavi za tekuću hranidbu rašireni su u svinjogojstvu. Ovdje je higijena posebno važna, inače se kvasac i gljivice u tekućoj hrani mogu brzo razmnožavati . Isto tako i voda za piće bi uvijek trebala biti  higijenski besprijekorna i, ako je moguće, mora biti kvalitetna vode za piće. Nužno je spriječiti razvoj biofilma, jer je ovo idealno tlo za rast i razvoj patogenih klica.

Muhe su veliki problem u štalama. One često uzrokuju nemir, remete dobrobit životinja i u konačnici dovode do gubitka performansi. Pokazalo se da su štalske muhe odgovorne za prijenos zaraznih bolesti. Dugoročni uspjeh protiv muha moguć je samo ako istodobno poduzimete mjere protiv ličinki muha (larvicid) i odraslih muha ( kontaktni ili hranom-otrovom). Glodavci su prijenosnici bolesti. Borba protiv njih propisana je zakonom. Samo kontinuirano praćenje trajno smanjuje zarazu glodavcima.

Hranidba higijenski savršenim žitom osnovni je uvjet za visoke performanse životinja. Žitarice imaju visok udio prirodnih klica. Bakterije, kvasci i plijesni ugrožavaju kvalitetu zrna. Uz visok sadržaj vode i populaciju prirodnih klica, ti se mikroorganizmi mogu nesrazmjerno razmnožavati. Njihov metabolizam zauzvrat povećava sadržaj vlage i temperaturu uskladištenog zrna. Ubrzava se mikrobiološko propadanje zrna. Razne kombinacije kiselina pružaju rješenje za sigurno dugoročno očuvanje vlažnog zrna. Korištenje  kiselina za žitarice osigurava higijenski savršenu hranu za životinje. Sadržaj klica u hrani se smanjuje, smanjuje se aktivnost enzima i stvaranje mikotoksina, dok se zadržavaju vrijedne hranjive tvari .

Totalno izmiješani obroci (TMR) se često zagrijavaju tijekom postupka miješanja. To možete učinkovito spriječiti dodavanjem mješavina kiselina u cilju konzerviranja. Također je poželjno energetski nadograditi obrok primjenom glukoplastičnih tvari kao što su glicerin ili propilenglikol. Dostupni su i s kiselinama u različitim kombiniranim proizvodima.