Mikrobiološka "oprema" prasilišta ima veliki utjecaj na zdravlje prasadi. Neke infekcije, već stečene u prasilištu, pojavljuju se tek nakon odbića prasadi.

Probavni trakt neoprašene prasadi nema mikroorganizama. Kolonizacija crijevnom florom, koja je tako presudna za daljnji razvoj životinja, započinje tek tijekom rođenja. Iako je temeljito čišćenje i dezinfekcija s potrebnim vremenom djelovanja i sušenja danas standard u boksu za prašenje, ozbiljne infekcije različitim patogenima, poput E. coli, streptokoka ili klostridije, pojavljuju se kod prasadi uvijek iznova. Ali odakle dolaze ovi mikrobi? Krmača većinu tih patogena unosi u čisti boks. Obično krmače same ne obolijevaju jer im je crijevna flora stabilna, a imunološki sustav potpuno razvijen. Ovisno o razini infekcije, količini antitijela u kolostrumu i vitalnosti novooprašene prasadi, patogeni mogu kod prasadi uzrokovati bolesti . 

lli prasad donosi sa sobom patogene u bokseve odgoja, gdje oslabljeni imunološki sustav može dovesti do izbijanja bolesti. Stoga bi trebalo, prije preseljenja krmača u prasilište, uspostaviti higijenski koncept kako bi se dosljedno smanjili patogeni mikrobi (vidi ilustraciju).

Samo ciljana uporaba različitih mjera, uključujući čišćenje i dezinfekciju, spriječava infekcije i bolesti.